福利厚生費は、従業員の福利向上を目的とした費用を計上する勘定科目です。
全社員一律の交通費補助として支給する場合や、福利厚生的な意味合いが強い場合に使用されます。

福利厚生費として処理するメリットは、通勤に関する費用を従業員への福利厚生として明確に位置づけられる点です。
ただし、税務調査の観点からは「旅費交通費」の方が説明しやすいとされる場合もあります。

【福利厚生費で処理する場合のポイント】

• 消費税の課税仕入れとして処理できる（基本給等とは区別が必要）
• 支給形態ではなく性質で判断し、通勤目的であれば福利厚生費として処理可能
• 法定外福利費としての位置づけとなる

給与明細で「通勤手当」として支給し、給与と一体で処理する場合は、「給与手当」または独立した「通勤手当」を使用します。
給与計算ソフトで給与と一緒に処理されることが多く、源泉徴収や社会保険料計算の観点から給与と一体管理が便利です。

ただし、消費税の税区分が異なるため、基本給等とは区別して仕訳する必要があります。
通勤手当は消費税の「課税仕入れ」ですが、給与は「対象外」なので税区分の区別が必須です。

【給与で処理する場合のポイント】

• 給与明細上で「非課税支給額」として給与と別に記載されるため、管理しやすい
• 源泉徴収や社会保険料計算の際に給与と一体で管理できる
• 消費税の税区分は給与（対象外）とは別に「課税仕入10%」として設定が必要

交通費全般を一つの勘定科目で管理したい場合や、出張旅費と合わせて管理する場合は「旅費交通費」を使用します。
旅費交通費は業務に関連する移動費用全般を含む勘定科目であり、通勤費も含めて一元管理できます。

消費税の課税仕入れとして処理しやすく、給与との混同を避けられるため、多くの企業で採用されている方法です。
経費精算的な性質が明確になり、税務調査でも説明しやすいというメリットがあります。

【旅費交通費で処理する場合のポイント】

• 出張旅費や営業交通費と合わせて一元管理できる
• 消費税の課税仕入れとして処理しやすい
• 経費精算システムで他の交通費と同じ扱いができる

勘定科目は税務上どれを使っても問題ありません。
会社の会計方針・給与計算方法・管理のしやすさで選び、一度決めたら継続して使用することが重要です。

判断基準として、以下の目安が参考になります。

いずれの勘定科目を選んでも、消費税の課税仕入れ処理ができれば経理上の問題はありません。
税務上はどの勘定科目を使っても損金算入が認められます。

通勤手当の非課税限度額は、通勤手段によって異なります。

公共交通機関（電車・バス）で通勤する場合は月額15万円まで非課税です。
マイカー通勤は片道の通勤距離に応じて段階的に設定されており、2025年4月から引き上げられました。

2026年4月の改正で新設されたのは片道65km以上の4区分です。
勤務先周辺または通勤に利用する駅周辺の駐車場等を利用している場合、距離区分の限度額に月5,000円を上限として駐車場代を加算できます。（自宅付近の駐車場は対象外）。
なお、有料道路を利用している場合はその合理的な料金も加算でき、この場合の上限は月15万円です。

非課税限度額を超えた部分は「給与所得」として課税され、源泉徴収の対象となります。
勘定科目は変更不要です。
ただし、給与計算上は課税分と非課税分を区分して管理しなければなりません。

給与明細では「非課税支給額」と「課税支給額」を分けて記載し、年末調整では課税分を含めて計算します。
なお、2025年の改正で非課税限度額が引き上げられた場合、
過去に課税処理した分について年末調整で精算が必要になることがあります。

【非課税限度額を超えた場合の処理】

• 超過分は給与所得として源泉徴収の対象
• 給与明細で課税分と非課税分を区分して記載
• 勘定科目は変更不要（会計上は同じ勘定科目で処理可能）
• 年末調整で課税分を含めて精算

勘定科目を分ける必要はありません。
通勤手当は課税分・非課税分に関係なく同じ勘定科目（旅費交通費、給与手当など）で処理します。

勘定科目は経理上の分類であり、税務上の課税・非課税とは別の概念です。
消費税の課税仕入れとしては、所得税の非課税限度額を超えていても全額が対象となります。
会計ソフトでは消費税区分で管理するため、勘定科目を分ける実務上のメリットは少ないでしょう。

ただし、補助科目や摘要で区分管理することはできます。
管理上の必要に応じて「通勤手当（非課税）」「通勤手当（課税）」のように補助科目を設定することも一つの方法です。